System Pippin Prep

System Pippin Prep to urządzenie rozdzielające DNA na zasadzie elektroforezy agarozowej, które następnie eluuje frakcje DNA zgodnie z zadanym przez użytkownika zakresem długości fragmentów. Użycie Pippin Prep eliminuje kilka etapów pracy manualnej i pozwala na uzyskiwanie wyższej jakości bibliotek DNA do sekwencjonowania następnej generacji (NGS).

System Pippin Prep składa się z aparatu do elektroforezy z wbudowaną jednostką sterującą oraz monitora, klawiatury i myszy komputerowej.

Pippin Prep jest aparatem łączącym elektroforezę z detekcją DNA opartą na fluorescencji. Podczas działania, oprogramowanie wykorzystuje system optyczny oraz marker wielkości DNA do określenia właściwego czasu ekstrakcji zadanego zakresu wielkości fragmentów z agarozy.

Wykorzystywane są gotowe kasety żelowe, które zależności od stężenia agarozy i doboru markerów wielkości pozwalają na ekstrakcję fragmentów w zakresie 90 bp – 1,5 kb. Procedura wymaga jedynie 1-2 minut pracy ręcznej na 1 próbkę, a typowy czas rozdziału wynosi od 50 do 100 minut.

Ekstrakcja przebiega poprzez przełączenie ścieżki elektroforezy do kanału, który zbiera pożądaną frakcję DNA do modułu elucyjnego wypełnionego buforem. Frakcje DNA są pobierane z użyciem standardowej pipety laboratoryjnej.

Główne zastosowania urządzenia:

• przygotowywanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie sparowanych końców (paired-end)
• przygotowywanie matryc do amplifikacji klonalnej DNA z użyciem kulek
• przygotowywanie bibliotek z materiału po immunoprecypitacji chromatyny (ChIP-Seq)
• izolowanie bibliotek miRNA z dimerów adaptorów oraz większych fragmentów cDNA

Zalety systemu Pippin Prep:

• oszczędność czasu w porównaniu do metod manualnych
• precyzyjny wybór zakresu fragmentów DNA
• minimalne ryzyko kontaminacji niskocząsteczkowym DNA
• indywidualne ścieżki umożliwiają multipleksowanie bez ryzyka cross-kontaminacji
• powtarzalne ekstrakcje
• automatyczne zbieranie prążków PCR lub fragmentów po restrykcji

Więcej informacji: http://www.sagescience.com/products/pippin-prep/