Sekwenator NextSeq 1000 już w sprzedaży
NextSeq 1000 to sekwenator oparty na technologii swojego poprzednika czyli Nextseq 2000. Różnice między nimi dotyczą głównie maksymalnej wydajności w odniesieniu do liczby odczytów oraz generowanych danych. Tutaj należy zwrócić uwagę na pomysłowość inżynierów projektujących oba systemy, która wydaje się mieć realne odniesienie do rzeczywistości, z którą często spotykają się użytkownicy rozwiązań NGS. To dylemat związany z początkową inwestycją, która musi być wyważona i podparta długoterminowymi założeniami w odniesieniu do realizowanych w przyszłości projektów. Pytania, które często stawia się w takich sytuacjach to m.in.: czy nie będę potrzebować urządzenia o większej przepustowości, czy już teraz inwestować w platformę, która zapewni w przyszłości bezpieczeństwo realizacji większych projektów mimo, że na obecnym etapie takich nie realizuję, jak zoptymalizować koszty i zagwarantować dostęp do większego urządzenia bez kolejnej inwestycji w nowym sprzęt? Illumina wychodzi naprzeciw tym rozterkom i udostępnia możliwość rozbudowy sekwenatora NextSeq 1000 do wersji 2000 bez potrzeby inwestycji w nowe urządzenie, gwarantując elastyczność przy ograniczonych wydatkach.
To co stanowi podstawę obu systemów to m.in. zmodyfikowane płytki przepływowe. Charakteryzują się uporządkowanym układem nanodołków oraz ich większą liczbą. To przekłada się na większą gęstością klastrów tworzonych podczas amplifikacji mostkowej, a także system optyczny, który usprawnia proces obrazowania. Zaletą jest również integracja z platformą obliczeniową DRAGEN Bio-IT, która pozwala na drugo- i trzeciorzędową analizę wygenerowanych danych.
Wydajność NextSeq 1000 w ujęciu maksymalnej liczby pojedynczych odczytów to 400 mln przy zakresach długości 2x50, 2x100 lub 2x150 par zasad. Optymalne aplikacje to m.in.:
- sekwencjonowanie małych genomów - liczba próbek dla genomu o wielkości 130 Mb oraz 30- krotnym średnim pokryciu to około 30, czas sekwencjonowania to w przybliżeniu 29 godziny.
- sekwencjonowanie całych exomów (WES) – liczba próbek przy założeniu średniego pokrycia 50x może wynosić 16, a czas sekwencjonowania to ok. 21 godzin.
- sekwencjonowanie RNA z pojedynczej komórki – liczba próbek sekwencjonowana podczas jednego runu to 8 przy założeniu 4 tys. komórek oraz 12,5 tys. odczytów na komórkę.