Analiza RNA - nowości w ofercie Illumina

Serdecznie zapraszamy do zapoznania się z informacjami dotyczącymi nowych produktów w naszej ofercie związanych z analizami RNA – od tych ukierunkowanych, po dotykające pełnych transkryptomów. W przedstawionych poniżej opisach, staraliśmy się podkreślić i wskazać zalety tych rozwiązań w odniesieniu do zmian które nastąpiły w obszarze doświadczeń użytkownika w porównaniu z dotychczas dostępnymi propozycjami.

Zachęcamy do zagłębienia się w ten temat i do kontaktu w przypadku pojawiających się pytań. Dodatkowo, chcielibyśmy poinformować o możliwości skorzystania z wyjątkowego rabatu w wysokości do 35%, na pierwsze zamówienia produktów wskazanych poniżej. Zapraszamy!

- Illumina RNA Prep with Enrichment

Ukierunkowane sekwencjonowanie RNA to ekonomiczne podejście do analiz skupiających się wokół sprecyzowanego zestawu genów w odniesieniu do np. ich poziomów ekspresji lub zachodzących fuzji.

Technologią umożliwiającą takie podejście jest miedzy innymi hybrydyzacja specyficznie zaprojektowanych sond z materiałem podlegającym analizie. Kombinacja takiego podejścia z zastosowaniem tagmentacji na kulkach zapewnia wyjątkowo szybką procedurę przygotowania  bibliotek NGS w oparciu o DNA lub RNA. Efektem takiej integracji oraz zastosowania wielu innych technik, jest Illumina RNA Prep with Enrichment.

Kluczowymi cechami tego produktu są: kompatybilność z materiałem trudno dostępnym (wystarczy 20 ng RNA z próbek typu FFPE), zminimalizowany czas potrzebny do przygotowania biblioteki (tylko 9 godzin) a także dostęp do kombinacji 384 indeksów pozwalający na optymalizację kosztów pełnej analizy.

Warto podkreślić, że Illumina RNA Prep with Enrichment zostało zaprojektowane aby sprostać potrzebom różnych grup badaczy, skupiających się na różnych obszarach nauki i medycyny. Aby takie podejście mogło zostać zrealizowane, potrzebna jest duża elastyczność w odniesieniu do wyboru zakresu analizy. Taką elastyczność zapewnia Illumina RNA Prep with Enirchment poprzez opcję projektowania indywidualnych paneli z wybranymi regionami, ważnymi w kontekście postawionej hipotezy badawczej. W przypadku projektów o szerszym zakresie, rozwiązanie można połączyć z gotowymi i dostępnymi panelami np. RNA Exome (skupiającym się na kodujących sekwencjach RNA) czy bardzo aktualnym Respiratory Virus Panel umożliwiającym detekcję powszechnych wirusów wywołujących choroby układu oddechowego.

Więcej

- Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

Transkryptomika związana jest z analizą pełnego zestawu transkryptów obecnych w danej komórce lub tkance w określonym momencie. Obejmuje to kodujące oraz niekodujące RNA mające udział w prawidłowym funkcjonowaniu komórki. Analiza związana z tym rodzajem kwasów nukleinowych może dostarczyć informacji między innymi o ekspresji, nowych i znanych transkryptach czy o alternatywnych wariantach składania powstałych w wyniku potranskrypcyjnych modyfikacji mRNA. Kompleksowość takiej procedury otwiera drogę do ogromnej ilości danych które mogą być pozyskane dzięki użyciu odpowiednich narzędzi gwarantujących wyniki o doskonałych metrykach związanych z jakością odczytów czy równomiernością pokrycia. Jednym z takich narzędzi może być Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo – Zero Plus czyli najnowsze technologicznie rozwiązanie w ofercie Illumina. Kluczowe zmiany w odniesieniu do poprzednich wersji dotyczą między innymi ujednolicenia i integracji protokołu deplecji rRNA dla wielu rodzajów próbek (ludzkie mitochondrialne i cytoplazmatyczne rRNA, mysie rRNA, szczurze rRNA, baktryjne +/- gram rRNA, globinowe mRNA), skrócenie czasu protokołu do około 7 godzin a także zmniejszenie wymaganej ilości wejściowego RNA do zakresu 1 – 1000 ng.

Główne różnice pomiędzy dotychczasowym rozwiązaniem (Illumina Stranded Total RNA Prep) a najnowszym (Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo – Zero Plus) znajdują się w poniższej tabeli.

Więcej

- Illumina Stranded mRNA Prep

Sekwencjonowanie mRNA z wykorzystaniem NGS niesie ze sobą wiele korzyści i ma znaczącą przewagę nad innymi metodami (nie związanymi z NGS). Taką przewagą niewątpliwie jest możność projektowania eksperymentów bez potrzeby wcześniejszej znajomości analizowanego transkryptomu. Dodatkowo, aby wyważyć stosunek ilości uzyskanych danych do poniesionych kosztów inwestycyjnych, bardzo często naukowcy skupiają się tylko na regionach kodujących. Odpowiedzią która może sprostać takim potrzebom jest Illumina Stranded mRNA Prep, czyli  najnowsze rozwiązanie udostępnione przez Illumina, zoptymalizowane pod kątem łatwości użytkowania przy zachowaniu wysokiej jakości wyników. Mechanizm selekcji oparty o wychwytywanie końców poli-A cząsteczek mRNA za pomocą kulek oligo-dT a także możliwość określania z której nici pochodzi dany transkrypt to znane technologie wykorzystane w produktach poprzedniej generacji (np. TruSeq Stranded mRNA). Zmianom natomiast uległy takie czynniki jak zakres ilości wejściowego RNA mieszczący się w 25 – 1000 ng, czas pełnej procedury zminimalizowany do około 6,5 godziny a także zwiększona przepustowość do 384 próbek na run dzięki rozszerzeniu konfiguracji dostępnych indexów. Warto również podkreślić, że w przypadku Illumina Stranded mRNA proces syntezy nici cDNA został zintegrowany z procedurą i nie ma potrzeby stosowania zewnętrznych rozwiązań.

Główne różnice pomiędzy Illumina Stranded mRNA Prep a porównywalnym produktem w starszej wersji znajdują się poniższej tabeli.

Więcej