Nowe zestawy odczynników dla sekwenatorów NextSeq 1000/2000.

Systemy NextSeq 1000/2000 to sekwenatory wyposażone w aż 75 innowacji dotyczących konstrukcji, zawansowanych odczynników, uproszczonych rozwiązań bioinformatycznych i intuicyjnego przepływu pracy. Wszystkie te usprawnienia w momencie projektowania tych urządzeń miały pozwolić na redukcję kosztów sekwencjonowania, zwiększenie rozdzielczości a także umożliwienie jak najszerszego spektrum aplikacji oraz rozwijanie kolejnych w przyszłości. Przejaw innowacyjnego charakteru tych platform jest między innymi to, że już niedługo, sekwentory NextSeq 1000/2000 będą kompatybilne z nowymi zestawami do sekwencjonowania :

• NextSeq 1000/2000 P1 – 100 cykli – nowa konfiguracja zapewni 100 milionów odczytów i 10 Gb danych, umożliwiając dostęp do aplikacji sekwencjonowania RNA, ATAC-Seq czy ChIP -Seq oraz innych.
• NextSeq 1000/2000 P1 – 600 cykli – nowa konfiguracja zapewniająca 100 milionów odczytów oraz 60 Gb danych zoptymalizowanych pod kątem aplikacji profilowania repertuaru immunologicznego czy badań metagenomicznnych typu shotgun.

Kolejną zmianą dotyczącą sekwenatorów jest dostęp do platformy obliczeniowej DRAGEN Bio-IT zintegrowanej z NextSeq 1000/2000 , która już teraz jest dołączana bezpłatnie do zakupionego urządzenia. Wcześniej aby móc w pełni korzystać z tej możliwości trzeba było uwzględnić dodatkowe koszty licencji. Oprogramowanie DARGEN to nowoczesna platforma do analizy drugorzędowej, oferująca wielokrotnie szybsze procedury a także kompresję uzyskanych danych i redukcję kosztów przechowywania plików. Wbudowane aplikacje analityczne obejmują między innymi DRAGEN RNA, single cell RNA, panele ukierunkowane, WES, WGS.

NextSeq 2000 został zaprojektowany z uwzględnieniem szybko zmieniającego się świata nauki i pojawiających się nowych obszarów badawczych wymagających dedykowanych aplikacji. Oferując skalowalność dla zmieniających się potrzeb i najszerszy zakres aplikacji, sekwenator znajdzie zastosowanie w takich badaniach jak :

• Sekwencjonowanie metagenomiczne typu shotgun – szersze i głębsze spojrzenie na metagenom w kontekście nie tylko identyfikacji społeczności mikrobiologicznej ale także biologii i oceny występowania genów mających wpływa na oporność na różne formy antybiotyków (AMR).
• Profilowanie receptorów limfocytów T i B – ukierunkowane podejście amplikonowe umożliwiające identyfikację większej liczby klonotypów i kluczowy wgląd w adaptacyjną odpowiedź immunologiczną.
• Sekwencjonowanie na poziomie pojedynczej komórki – badanie profilu ekspresji poszczególnych komórek, dające wgląd w zmienność subpopulacyjną a także zrozumienie odpowiedzi na bodźce środowiskowe.
• Sekwencjonowanie exomów – identyfikacja wariantów w regionach kodujących, z szerokim zastosowaniem w genetyce populacyjnej, chorobach genetycznych i badaniach nad nowotworami.

Więcej informacji : https://www.illumina.com/destination/future-created-by-you-nextseq.html