10x Xenium

10x Xenium

Dzięki Xenium dostępne stają się nie tylko dane ilościowe ekspresji poszczególnych genów w pojedynczej komórce ale również przestrzenne rozmieszczenie transkryptów w tkance, z informacją o ich lokalizacji wewnątrzkomórkowej. Próbki biologiczne charakteryzują się wysoką heterogennością w związku z tym klasyczne podejście badania ekspresji z wykorzystaniem real time PCR, sekwencjonowania czy mikromacierzy staje się niewystarczające. Powyższe narzędzia analityczne pozwalaj na uzyskanie jedynie uśrednionego wyniku z całej populacji komórek. Natomiast kluczowych informacji niezbędnych do zidentyfikowania nowych biomarkerów, celów terapeutycznych lub do badania potencjalnych kandydatów na leki poszukiwać należy na poziomie ekspresji transkryptów w poszczególnych komórkach, jak również w przestrzennym ułożeniu subpopulacji komórkowych. Takie nowoczesne podejście dostarczające nam znacznie więcej informacji staje się coraz bardziej powszechne.

Do badania transkryptomu wykorzystywane są dedykowane panele sond
  • Human Breast Gene Expression Panel
  • Human Brain Gene Expression Panel
  • Human Lung Gene Expression Panel
  • Human Multi-Tissue and Cancer Gene Expression Panel
  • Mouse Brain Gene Expression Panel
  • Custom Panels

Sondy zostały zaprojektowane w taki sposób, że komplementarne do wykrywanego genu są końce 5’ i 3’, a pomiędzy końcami znajduje się unikalna sekwencja oligonukleotydowa (barkod). Po hybrydyzacji następuje ligacja końców i namnożenie unikalnej sekwencji oligonukleotydowej. Dzięki takiej konstrukcji sond uzyskano znacznie większą specyficzność. Zastosowana nowoczesna, nieinwazyjna chemia nie powoduje degradacji badanych skrawków i pozwala na ich późniejsze wykorzystanie w dalszych analizach.

Analizować możemy skrawki pochodzące z tkanek
  • świeżych/mrożonych (FF)
  • FFPE
Platforma Xenium In situ pozwala na w pełni automatyczne procesowanie próbek z minimalnym czasem ich przygotowania przed umieszczeniem w aparacie. Skrawki tkanek umieszczane są na slajdach, następuje hybrydyzacja sond wybranego panelu, ligacja i reakcja PCR namnażająca unikalną sekwencję barkodu. Slajdy są umieszczane w aparacie Xenium, gdzie w kolejnych cyklach odbywa się odczyt i dekodowanie sygnału fluorescencyjnego z jednoczesną analizą danych. Dzięki jednoczesnemu dekodowaniu sygnału i analizie danych aparat Xenium pozwala na procesowa aż 12 skrawków, o powierzchni 1cm2 każdy, w zaledwie 6,5 dnia. Wraz z platformą dostarczane jest intuicyjne oprogramowanie do analizy wyników. Format otrzymanych danych jest otwarty i mogą być one analizowane w komercyjnie dostępnych, zewnętrznych oprogramowaniach.

Specyfikacja ogólna

Ilość jednocześnie analizowanych slajdów

2

Maksymalna powierzchnia skrawka

2,88cm2 (12 x 24mm)

Rozdzielczość

0,2 mikronów/pixel

Precyzja lokalizacji transkryptów

<50nm

Czas przygotowania próbek

około 2 dni w tym 2 godziny pracy laboratoryjnej

Czas analizy

do 6 analiz (12 skrawków) na tydzień

Rodzaj tkanek

świeża/mrożona, FFPE

Liczba analizowanych transkryptów

do 400 transkryptów RNA