VariantPlex HRD – najnowsze rozwiązanie od Archer do oceny statusu HRD.
Naprawa rekombinacji homologicznej (HRR) jest kluczowym mechanizmem komórkowym, który zapewnia stabilność genomową poprzez naprawę uszkodzeń DNA, w tym pęknięć dwuniciowych (DSB), które mogą być wynikiem różnych czynników wewnętrznych i zewnętrznych. W przypadku niedoboru tego mechanizmu, określanego jako deficyt rekombinacji homologicznej (HRD), mogą rozwijać się nowotwory, takie jak rak piersi, jajnika, trzustki czy prostaty.
HRD jest zjawiskiem fenotypowym, w którym mechanizm HRR jest niewystarczający do prawidłowej naprawy DNA, co prowadzi do gromadzenia się błędów w genomie. Status HRD ma istotne znaczenie w kontekście prognozowania odpowiedzi komórek nowotworowych na określone terapie, w tym inhibitory PARP. Badania wykazały, że analiza niestabilności genomowej może być skutecznym narzędziem do identyfikacji próbek HRD-pozytywnych, nawet w przypadku braku mutacji w genach BRCA1/2.
Aby wspomóc laboratoria w precyzyjnej diagnostyce nowotworów i personalizacji terapii, firma Archer (część IDT) opracowała zaawansowane rozwiązanie do analizy statusu HRD, VariantPlex HRD. Dzięki modułowi, obejmującemu ponad 19 000 SNP i zmiany typu indel, oraz platformie Archer Analysis 7.4, narzędzie to umożliwia ocenę niestabilności genomowej za pomocą dwóch głównych wskaźników:
- entropii liczby kopii alleli (ASCN) – który określa stopień niestabilności genomowej w odniesieniu do liczby kopii poszczególnych alleli.
- procentu napraw przez NHEJ (%NHEJ) – czyli procentowego udziału naprawy dwuniciowych pęknięć DNA z wykorzystaniem mechanizmu określanego jako niehomologiczne łączenie końców (NHEJ – non-homologous end joining), który staje się dominującym sposobem naprawy w próbkach z deficytem HRR.
Wynik HRD (HRD score) pozwala jednoznacznie klasyfikować próbki jako HRD-pozytywne lub HRD-negatywne, wspierając dokładne diagnozy i decyzje terapeutyczne. Rozwiązanie to można zastosować w kilku dostępnych wersjach:
- W połączeniu z gotowymi panelami VariantPlex, np. VARIANTPlex Complete Solid Tumor v2, VariantPlex Pan Solid Tumor v2 lub innym z serii VariantPlex. Dzięki takiemu połączeniu, oprócz określenia statusu HRD, użytkownik ma do dyspozycji dane dotyczące innych zmian takich jak MSI, TMB, CNV, SNV, indel dla genów podlegających analizie w danym panelu.
- W połączeniu z panelami typu custom, zaprojektowanymi w oparciu o kluczowe potrzeby użytkownika, np. uwzględniające geny związane z procesami naprawy HRR, takie jak BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, PALB2, ATM, PIK3CA, CHEK2 i wiele innych.
- Jako samodzielny test do oznaczenia statusu HRD.
VariantPlex HRD, to solidne rozwiązanie, pozwalające na szerokie spektrum zastosowań, działające w oparciu o sprawdzoną technologię AMP (Anchored Multiplex PCR) wykorzystującą molekularnie znakowane adaptery (MBC) oraz pojedyncze, specyficzne dla danych genów startery. Implementacja takiej technologii, daje możliwość elastycznego podejścia w projektowaniu paneli, detekcję nowych fuzji genowych w przypadku zastosowania zestawów typu FusionPlex oraz korekcję błędów na etapie analizy.
Więcej informacji - https://www.idtdna.com/pages/products/next-generation-sequencing/archer-ngs-assay-solutions/solid-tumor-research/variantplex-hrd-module?cUSS