SKUTECZNE ROZWIĄZANIA NGS DO BADANIA SARS-COV-2
Respiratory Virus Oligos Panel
Najnowszy panel do detekcji i charakterystyki wirusów (ponad 30) wywołujących zakażenia układu oddechowego, w tym także SARS-CoV-2. Rozwiązanie zaprojektowano w oparciu o technikę wzbogacania poprzez hybrydyzację z sondami, w tym przypadku kombinację Nextera Flex for Enrichment oraz Respiratory Virus Oligos Panel (7800 sond). Połączenie to gwarantuje przygotowanie bibliotek w szybki i łatwy sposób, miedzy innymi dzięki innowacyjnemu podejściu do procesu tagmentacji na kulkach.
Pełna procedura sprowadza się do następujących etapów: ekstrakcji RNA, odwrotnej transkrypcji do cDNA, przygotowania bibliotek i sekwencjonowania. Analiza wyników odbywa się przy wykorzystaniu oprogramowania dostępnego na sekwenatorze (Local Run Manager) lub Explify (IDbyDNA). Dodatkowo można skorzystać z darmowego dostępu do SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit (BaseSpace) i aplikacji wspierających analizę.
AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Research Panel
Panel zawierający 247 par primerów, podzielonych na 2 reakcje multipleks PCR (pierwsza pula 125 amplikonów, 2 pula 122 amplikony) pozwalających na prawie pełne (powyżej 99%) pokrycie sekwencji genomu SARS-CoV-2.
Dzięki optymalnym wymaganiom dotyczącym głębokości sekwencjonowania (tylko 250 000 odczytów na jedną próbkę), AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Research Panel z łatwością można wykorzystać na sekwenatorach charakteryzujących się najmniejszą przepustowością, typu iSeq czy MiniSeq lub przy większym napływie próbek na MiSeq lub NextSeq 500/550.
Dodatkowe komponenty do przygotowania bibliotek w technologii AmpliSeq for Illumina wymagane do przeprowadzenia pełnej procedury :
- AmpliSeq Library PLUS (dostępne zestawy na 24,96 i 384 reakcji)
- AmpliSeq CD Indexes
- AmpliSeq cDNA Synthesis for Illumina
TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold
Sprawdzona i kompleksowa metoda, zapewniająca szczegółowy wgląd w genom wirusa. Procedura oparta o technologię TruSeq z zastosowaniem deplecji mitochondrialnego i cytoplazmatycznego RNA.
Zaletą proponowanego rozwiązania jest możliwość uzyskania pełnej sekwencji genomu oraz informacji o infekcjach współistniejących oraz reakcji gospodarza. Rekomendowane ilości odczytów na jedną analizowaną próbkę, determinuje w głównej mierze rodzaj materiału wejściowego. W przypadku kultur wirusowych wartość ta wynosi 0,5 miliona, natomiast dla wymazów jest to 10 milionów.
Poszczególne etapy procedury: ekstrakcja RNA, deplecja mitochondrialnego i cytoplazmatycznego RNA, przygotowanie bibliotek w technologii TruSeq, sekwencjonowanie z wykorzystaniem odczytów 2 x 76 pz, analiza danych.