TruSeq Stranded mRNA
TruSeq Stranded mRNA to prosty, efektywny kosztowo oraz skalowalny zestaw do analizy kodującej części transkryptomu. Zestaw kompatybilny z szerokim zakresem próbek.
Produkt umożliwia precyzyjny pomiar orientacji nici mRNA w celu wykrywania transkrypcji antysensownej, dokładniejszej anotacji transkryptów oraz lepszej efektywności składania sekwencji. Wysoki poziom pokrycia poprawia odczyt alternatywnych transkryptów, genów fuzyjnych czy ekspresji allelo-specyficznej.
Informacja o nici identyfikuje, z której z dwóch nici DNA pochodzi dany transkrypt RNA. Informacja ta zwiększa pewność anotacji transkryptów szczególnie dla prób nie pochodzących z organizmów ludzkich. Identyfikacja pochodzenia nici zwiększa również procent zbieżnych odczytów redukując koszt sekwencjonowania.
Specyfikacja ogólna
|
Czas preparatyki |
10,5 h |
|
Czas pracy manualnej |
4,5 h |
|
Ilość materiału wejściowego |
0,1-1 ug całkowitego RNA lub 10-100 ng mRNA (poliA) |
|
Mechanizm działania |
Kulki opłaszczone oligodT wychwytują ogony poliA |
|
Multipleksowanie |
1-96 |
|
Kompatybilność z systemami |
HiSeq 2000, HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 1000, NextSeq 2000, NextSeq 500, NextSeq 550, NovaSeq 6000 |
|
Rodzaj kwasu nukleinowego |
RNA |
|
Klasa wariantów |
Fuzje genowe, nowe transkrypty, SNP, warianty transkryptów |
|
Próby specjalne |
Brak kompatybilności z FFPE |
|
Gatunek |
Ssaki, szczur, człowiek, bydło, mysz |
|
Metodyka |
Sekwencjonowanie mRNA |