System BluePippin

System BluePippin
System BluePippin to urządzenie rozdzielające DNA na zasadzie elektroforezy agarozowej, które następnie eluuje frakcje DNA zgodnie z zadanym przez użytkownika zakresem długości fragmentów

System BluePippin to urządzenie rozdzielające DNA na zasadzie elektroforezy agarozowej, które następnie eluuje frakcje DNA zgodnie z zadanym przez użytkownika zakresem długości fragmentów. Aparat może także frakcjonować białka względem zadanej wielkości cząsteczek.

Użycie BluePippin eliminuje kilka etapów pracy manualnej i pozwala na uzyskiwanie wyższej jakości bibliotek DNA do sekwencjonowania następnej generacji (NGS). BluePippin jest również pomocnym narzędziem podczas przygotowania prób białkowych do analizy metodą spektrometrii masowej.

System BluePippin składa się z aparatu do elektroforezy z wbudowaną jednostką sterującą oraz monitora, klawiatury i myszy komputerowej.

BluePippin łączy elektroforezę agarozową z detekcją DNA opartą na fluorescencji. Podczas działania, oprogramowanie wykorzystuje system optyczny oraz marker wielkości cząsteczek do określenia właściwego czasu ekstrakcji zadanego zakresu wielkości fragmentów z agarozy.

Wykorzystywane są gotowe kasety żelowe, które w zależności od stężenia agarozy i doboru markerów wielkości pozwalają na ekstrakcję fragmentów DNA w zakresie 100 bp – 50 kb oraz białek w zakresie 18 – 80 kDa. Procedura wymaga jedynie 1-2 minut pracy ręcznej na 1 próbkę, a typowy czas rozdziału wynosi od 50 do 100 minut.

Ekstrakcja przebiega poprzez przełączenie ścieżki elektroforezy do kanału, który zbiera pożądaną frakcję DNA do modułu elucyjnego wypełnionego buforem. Frakcje DNA (lub frakcje białkowe) są pobierane z użyciem standardowej pipety laboratoryjnej.

Główne zastosowania urządzenia:

  • przygotowywanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie sparowanych końców (paired-end)
  • przygotowywanie matryc do amplifikacji klonalnej DNA z użyciem kulek
  • przygotowywanie bibliotek z materiału po immunoprecypitacji chromatyny (ChIP-Seq)
  • izolowanie bibliotek miRNA z dimerów adaptorów oraz większych fragmentów cDNA
  • analiza białek metodą spektrometrii masowej

Zalety systemu BluePippin:

  • oszczędność czasu w porównaniu do metod manualnych
  • precyzyjny wybór zakresu fragmentów DNA
  • minimalne ryzyko kontaminacji niskocząsteczkowym DNA
  • indywidualne ścieżki umożliwiają multipleksowanie bez ryzyka cross-kontaminacji
  • powtarzalne ekstrakcje
  • automatyczne zbieranie prążków PCR lub fragmentów po restrykcji

Więcej informacji: http://www.sagescience.com/products/bluepippin/

Specyfikacja

Zakres rozdziału fragmentów DNA:    100 pz  - 50 000 pz

Zakres rozdziału białek::         18 kDa – 80 kDa

Maksymalna liczba prób do jednoczesnego frakcjonowania:  5 w jednym cyklu pracy urządzenia

Wymiary urządzenia:   44 cm x 33 cm x 18 cm