Illumina Exome Panel (sondy)
Illumina Exome Panel to zestaw sond pozwalających na analizę 45 Mb kodującej części ludzkiego genomu (>98% na podstawie RefSeq, CCDS oraz Ensembl). Zaprojektowane sondy można wykorzystać w połączeniu miedzy innymi z Illumina DNA Prep with Enrichment (maksymalnie 8 reakcji typu enrichment) oraz Illumina RNA Prep with Enrichment (72 reakcje typu enrichment).
Pełne przygotowanie bibliotek odbywa się z wykorzystaniem dodatkowych komponentów, zamawianych oddzielnie. W przypadku gdy materiałem wejściowym jest DNA :
- Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation – na 96 lub 16 próbek
- IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A,B,C lub D (96 indexes, 96 samples)
W przypadku gdy materiałem wejściowym jest RNA :
- Illumina RNA Prep with Enrichment (L) Tagmentation – na 16 lub 96 reakcji
- IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A,B,C lub D (96 indexes, 96 samples)
Przykładowe zestawienie maksymalnej ilości analizowanych prób w odniesieniu do sekwenatora NextSeq 550 :
- Illumina RNA Prep with Enrichment + Exome Panel
- Mid Output – max. 5 próbek (przy założeniu 25M odczytów na próbkę)
- High Output – max. 16 próbek (przy złożeniu 25M odczytów na próbkę)
Specyfikacja
Kompatybilność z zestawami | Illumina RNA Prep with Enrichment oraz Illumina DNA Prep with Enrichment |
Czas przygotowania biblioteki w kombinacji z Illumina DNA Prep with Enrichment | 6,5 h |
Czas przygotowania biblioteki w kombinacji z Illumiina RNA Prep with Enrichment | < 9 h |
Ilość wejściowego DNA (w przypadku kombinacji z Illumina DNA Prep with Enrichment) | 10 – 1000 ng wysokiej jakości DNA lub 50 – 1000 ng pochodzącego z FFPE |
Ilość wejściowego RNA (w przypadku kombinacji z Illumina RNA Prep with Enrichment) | 10 ng całkowitego RNA z mrożonej lub świeżej tkanki, 20 ng RNA z próbek typu FFPE |
Możliwość łączenia próbek | Do 384 sekwencji indeksujących |
