DEEPCHEK®-HSV SOFTWARE (CE-IVD)

DEEPCHEK®-HSV SOFTWARE (CE-IVD)

Oprogramowanie DeepChek®-HIV (CE-IVD) to konfigurowalne oprogramowanie do analizy danych z sekwencjonowania, przeznaczone do analiz genomów HSV-1 i HSV-2 oraz interpretacji klinicznych.

Kompatybilny z platformami elektroforezy kapilarnej i sekwencjonowania nowej generacji (MiSeq, MiniSeq, iSeq-100). Porządkuje dane sekwencjonowania w dedykowanym formacie bazy danych i wykonuje analizy bioinformatyczne rejonów RT, PROT, INT, GP120/V3 lub GP41. Generuje raporty do wykorzystania w badaniach lub do rutynowego użytku.

Obsługiwane formaty
AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie sparowane), BAM/SAM dla NGS obejmujące geny ukierunkowane lub również kompatybilne z WGS.
Dostępne analizy:
podtypowanie/podtypowanie wysokiej rozdzielczości szczepów Pure lub CRFs, określanie i walidacja mutacji aminokwasowych/zmian nukleotydów, walidacja pokrycia NGS.
Dostępne interpretacje:
ocena lekooporności z kilku aktualnych wytycznych (Universitäts Jena).
Dołączone usługi:
aktualizacje/uaktualnienia (wydania kwartalne), wsparcie, szkolenia internetowe, import danych sekwencjonowania historycznego.
Usługi na żądanie:
szkolenia lokalne, integracja z instrumentami lub systemami innych firm, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami sekwencjonowania nowej generacji

Tak, z każdą

Przeznaczenie

RUO

Obsługiwane pliki

FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie sparowane), BAM/SAM dla NGS obejmujące geny docelowe lub dane WGS.

Przepływ pracy

Od danych sekwencjonowania do raportu w ciągu ~30 minut dla NGS (w zależności od platformy).

Obsługiwane regiony

UL23, UL30

Dostępne analizy

Wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, raport o jakości przebiegu NGS.

Dostępne interpretacje

Lekooporność poprzez różne aktualne wytyczne.

Dostępne raporty

Raport z genotypowania klinicznego (PDF), 1-stronicowy raport z genotypowania (wkrótce), raport o jakości zmian aminokwasów (CSV).

Wliczone usługi

Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.

Dodatkowe opcje

Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja
z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.

Inne

Bezpieczna platforma internetowa (ograniczenia użytkowników, monitorowanie dostępu), eksport danych, wiele lokalizacji, nieograniczona liczba użytkowników/analiz na witrynę.