DEEPCHEK®-HIV SOFTWARE (CE-IVD)

Oprogramowanie DeepChek®-HIV (CE-IVD) to konfigurowalne oprogramowanie do analizy danych sekwencjonowania, przeznaczone do analiz genomu wirusa powodującego HIV-1 oraz interpretacji klinicznych.

Kompatybilny z platformami elektroforezy kapilarnej i sekwenatorami nowej generacji (MiSeq, MiniSeq, iSeq-100). Porządkuje dane sekwencjonowania w dedykowanym formacie bazy danych i wykonuje analizy bioinformatyczne oraz interpretacje sekwencjonowania dla RT, PROT, INT, GP120/V3 lub GP41. Generuje raporty do wykorzystania w badaniach lub do rutynowego użytku.

Obsługiwane formaty:

AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie sparowane), BAM/SAM dla NGS obejmujące geny ukierunkowane lub również kompatybilne z WGS.

Dostępne analizy:

podtypowanie/podtypowanie wysokiej rozdzielczości szczepów Pure lub CRFs, określanie i walidacja mutacji aminokwasowych/zmian nukleotydów, walidacja pokrycia NGS.

Dostępne interpretacje

ocena lekooporności (dla NRTI, NNRTI, II, PI, EI, FI) na podstawie wytycznych genotypowych opartych na wirtualnym fenotypie (w tym między innymi HIVdb/Stanford, ANRS, geno2pheno, Rega), określanie tropizmu, punktacja wrażliwości (GSS).

Dołączone usługi:

aktualizacje (cykle kwartalne), wsparcie, szkolenia internetowe, import danych sekwencjonowania historycznego.

Usługi na żądanie:

szkolenia lokalne, integracja z instrumentami lub systemami innych firm, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami sekwencjonowania nowej generacji	Tak, z każdą
Kompatybilność z platformami Sanger	Tak, z każdą
Przeznaczenie	CE-IVD (LU/CA01/IVD/69)
Obsługiwane pliki	AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie typu PE), BAM/SAM dla NGS obejmujących geny docelowe lub WGS.
Przepływ pracy	Od danych sekwencjonowania do raportu w ~2 minuty dla SANGER i ~30 minut dla NGS (w zależności od platformy)
Obsługiwane regiony	RT, PROT, INT, GP41, GP120/V3, cały genom (wkrótce)
Dostępne analizy	Podtypowanie, podtypowanie o wysokiej rozdzielczości, wykrywanie mutacji aminokwasów, wykrywanie zmian nukleotydów, raport jakości przebiegu NGS, określanie tropizmu
Dostępne interpretacje	Oporność na leki poprzez aż 7 różnych aktualnych wytycznych opartych na genotypach lub wirtualnych fenotypach, w tym HIVdb/Stanford, ANRS, geno2pheno, Rega
Dostępne raporty	Raport z genotypowania klinicznego (PDF), 1-stronicowy raport z genotypowania (wkrótce), raport informacji o jakości zmian aminokwasów (CSV), raport informacji o jakości zmian nukleotydów (CSV)
Wliczone usługi	Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.
Dodatkowe opcje	Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami automatyzacja przepływu pracy IT, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.
Inne	Bezpieczna platforma internetowa (ograniczenia użytkowników, monitorowanie dostępu), eksport danych, wiele lokalizacji, nieograniczona liczba użytkowników/analiz na witrynę

DEEPCHEK®-HIV SOFTWARE (CE-IVD)

Specyfikacja ogólna

Materiały do pobrania