DEEPCHEK®-HCV SOFTWARE (CE-IVD)

DEEPCHEK®-HCV SOFTWARE (CE-IVD)

Oprogramowanie DeepChek®-HCV (CE-IVD) to konfigurowalne oprogramowanie do analiz danych z sekwencjonowania i przeznaczone do analiz genomowych wirusowego zapalenia wątroby typu C (HCV) i interpretacji klinicznych.

Kompatybilny z platformami elektroforezy kapilarnej i sekwenatorami nowej generacji (MiSeq, MiniSeq, iSeq-100). Porządkuje dane sekwencjonowania w dedykowanym formacie bazy danych i wykonuje analizy bioinformatyczne i interpretacje kliniczne regionów 5'UTR, CORE, NS3, NS5A lub NS5B.
Generuje raporty do wykorzystania w badaniach lub do rutynowego użytku.

Obsługiwane formaty
AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie typy PE), BAM/SAM dla NGS obejmujące geny ukierunkowane lub również kompatybilne z WGS.
Dostępne analizy:
podtypowanie/podtypowanie wysokiej rozdzielczości, określenie i walidacja mutacji aminokwasowych/zmian nukleotydów, walidacja pokrycia NGS.
Dostępne interpretacje:
ocena lekooporności (dla inhibitorów NS3, NS5A i NS5B) na podstawie kilku aktualnych wytycznych.
Dołączone usługi:
aktualizacje/uaktualnienia (wydania kwartalne), wsparcie, szkolenia internetowe, import danych sekwencjonowania historycznego.
Usługi na żądanie:
szkolenia lokalne, integracja z instrumentami lub systemami innych firm, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami sekwencjonowania nowej generacji

Tak, z każdą

Kompatybilność z platformami Sanger

Tak, z każdą

Przeznaczenie

CE-IVD (LU/CA01/IVD/69)

Obsługiwane pliki

AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie typu PE), BAM/SAM dla NGS obejmujących geny docelowe lub również kompatybilny z WGS

Przepływ pracy

Od danych sekwencjonowania do raportu w ~2 minuty dla SANGER i ~30 minut dla NGS (w zależności od platformy)

Obsługiwane regiony

5'UTR, CORE, NS3, NS5A, NS5B, cały genom (wkrótce)

Dostępne analizy

Podtypowanie, podtypowanie o wysokiej rozdzielczości, wykrywanie mutacji aminokwasów, wykrywanie zmian nukleotydów, raport jakości przebiegu NGS

Dostępne interpretacje

Lekooporność dzięki różnym aktualnym wytycznym, w tym geno2pheno

Dostępne raporty

Raport z genotypowania klinicznego (PDF), 1-stronicowy raport z genotypowania (wkrótce), raport informacji o jakości zmian aminokwasów (CSV), raport informacji o jakości zmian nukleotydów (CSV)

Wliczone usługi

Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.

Dodatkowe opcje

Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT.

Inne

Bezpieczna platforma internetowa (ograniczenia użytkowników, monitorowanie dostępu), eksport danych, wiele lokalizacji, nieograniczona liczba użytkowników/analiz na witrynę