DEEPCHEK®-HBV SOFTWARE (CE-IVD)

DEEPCHEK®-HBV SOFTWARE (CE-IVD)

Oprogramowanie DeepChek®-HBV (CE-IVD) to konfigurowalne oprogramowanie analizy danych z sekwencjonowania, przeznaczone do wykonywania analiz danych genomowych wirusowego zapalenia wątroby typu B (HBV) oraz interpretacji klinicznych.

Kompatybilny z platformami elektroforezy kapilarnej i sekwenatorami nowej generacji (MiSeq, MiniSeq, iSeq-100). Organizuje dane sekwencjonowania w dedykowanym formacie bazy danych i wykonuje analizy bioinformatyczne wraz z interpretacjami klinicznymi dla rejonów Polymerase, HBsAg, Core, Pre-core, Pre-S1, Pre-S2 lub X. 
Raporty do wykorzystania w badaniach lub do rutynowego użytku.

Obsługiwane formaty:
AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie typu PE), BAM/SAM dla NGS obejmujące geny ukierunkowane lub również kompatybilne z WGS.
Dostępne analizy:
genotypowanie/genotypowanie wysokiej rozdzielczości, określanie i walidacja mutacji aminokwasowych/zmian nukleotydów, walidacja pokrycia NGS.
Dostępne interpretacje:
interpretacja lekooporności, ocena uzyskania oporności na szczepionkę przez wirusa, prognoza zaawansowanej choroby wątroby na podstawie kilku aktualnych wytycznych.
Dołączone usługi:
aktualizacje (cykle kwartalne), wsparcie, szkolenia internetowe, import danych sekwencjonowania historycznego.
Usługi na żądanie:
szkolenia lokalne, integracja z instrumentami lub systemami innych firm, dostosowywanie.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami sekwencjonowania nowej generacji

Tak, z każdą

Kompatybilność z platformami Sanger

Tak, z każdą

Przeznaczenie

CE-IVD (LU/CA01/IVD/69)

Obsługiwane pliki

AB1, FASTA i PLAIN-TEXT dla Sanger, FASTA/FASTQ (w tym sekwencjonowanie sparowane), BAM/SAM dla NGS obejmujących geny docelowe lub również kompatybilny z WGS

Przepływ pracy

Od danych sekwencjonowania do raportu w ~2 minuty dla SANGER i ~30 minut dla NGS (w zależności od platformy)

Obsługiwane regiony

Polimeraza, HBsAg, Core, Pre-core, Pre-S1, Pre-S2, X gen, cały genom

Dostępne analizy

Genotypowanie, genotypowanie wysokiej rozdzielczości, wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, raport jakości przebiegu NGS

Dostępne interpretacje

Oporność na leki dzięki różnym aktualnym wytycznym, w tym SeqHepB, ocena uzyskania oporności na szczepionkę przez wirusa, zaawansowanej prognozie choroby wątroby

Dostępne raporty

Genotypowanie, genotypowanie wysokiej rozdzielczości, wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, raport jakości przebiegu NGS

Wliczone usługi

Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.

Dodatkowe opcje

Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja
z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT, dostosowywanie do potrzeb użytkownika.

Inne

Bezpieczna platforma internetowa (ograniczenia użytkowników, monitorowanie dostępu), eksport danych, wiele lokalizacji, nieograniczona liczba użytkowników/analiz na witrynę