DEEPCHEK® ASSAY V3 LOOP / TROPISM V1 (RUO)

DEEPCHEK® ASSAY V3 LOOP / TROPISM V1 (RUO)

DeepChek® Assay V3 LOOP/TROPISM V1 (RUO) test służący do określenia kwalifikacji do leczenia antagonistą CCR5 u pacjentów zakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności typu 1 (HIV-1).  Zestaw zawiera odczynniki PCR oraz oprogramowanie diagnostyczne in vitro, które są kompatybilne z platformami NGS lub Sanger.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami do NGS

Tak, z każdą

Kompatybilność z platformami do elektroforezy kapilarnej

Tak, z każdą

Przeznaczenie  

RUO –ISO-9001

Liczba reakcji

24 próbek/zestaw

Rodzaj materiału wejściowego

Surowica, osocze, DNA prowirusowe, DBS

Zawartość zestawu

Odczynniki RT-PCR i Nested-PCR (enzymy, mastermiksy, startery, dNTP), startery do sekwencjonowania SANGER, protokoły do sekwencjonowania SANGER i NGS, analizy oprogramowania SANGER lub NGS dla 24 próbek przez dostęp do chmury

Czułość

1000 cp/ml dla 400 µl osocza/surowicy. Dostępne protokoły dla niskiego miana wirusa (>200 - 300 cp/ml)

Specyficzność

Zwalidowany na większości podtypów i szczepów CRF

Powtarzalność

>99%

Przepływ pracy

Od próbki do wyniku ~15 godzin dla SANGER i ~30 godzin dla NGS (w zależności od platformy)

Pokrycie

Kodony 1-35 pętli V3

Kompatybilne metody ekstrakcji

Automatyczny - zestaw do izolacji kwasów nukleinowych MagNA Pure Compact I - Roche, Promega - Abbott, ręczny - ekstrakcje przy użyciu QIAamp® Viral RNA – Qiagen.

Oprogramowanie do analizy i interpretacji danych

W zestawie (DeepChek-HIV / CE-IVD)

Dostępne analizy

Wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, ocena tropizmu, podatność na antagonistę CCR5, raport z jakości przebiegu NGS, raport z genotypowania klinicznego.

Lekooporność

Elastyczny dzięki kilku wirtualnym wskazówkom fenotypowym (Pyrovir, geno2pheno).

Wliczone usługi

Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.

Opcje

Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT.