DEEPCHEK® ASSAY V3 LOOP / TROPISM V1 (RUO)

DeepChek® Assay V3 LOOP/TROPISM V1 (RUO) test służący do określenia kwalifikacji do leczenia antagonistą CCR5 u pacjentów zakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności typu 1 (HIV-1). Zestaw zawiera odczynniki PCR oraz oprogramowanie diagnostyczne in vitro, które są kompatybilne z platformami NGS lub Sanger.

Specyfikacja ogólna

Kompatybilność z platformami do NGS	Tak, z każdą
Kompatybilność z platformami do elektroforezy kapilarnej	Tak, z każdą
Przeznaczenie	RUO –ISO-9001
Liczba reakcji	24 próbek/zestaw
Rodzaj materiału wejściowego	Surowica, osocze, DNA prowirusowe, DBS
Zawartość zestawu	Odczynniki RT-PCR i Nested-PCR (enzymy, mastermiksy, startery, dNTP), startery do sekwencjonowania SANGER, protokoły do sekwencjonowania SANGER i NGS, analizy oprogramowania SANGER lub NGS dla 24 próbek przez dostęp do chmury
Czułość	1000 cp/ml dla 400 µl osocza/surowicy. Dostępne protokoły dla niskiego miana wirusa (>200 - 300 cp/ml)
Specyficzność	Zwalidowany na większości podtypów i szczepów CRF
Powtarzalność	>99%
Przepływ pracy	Od próbki do wyniku ~15 godzin dla SANGER i ~30 godzin dla NGS (w zależności od platformy)
Pokrycie	Kodony 1-35 pętli V3
Kompatybilne metody ekstrakcji	Automatyczny - zestaw do izolacji kwasów nukleinowych MagNA Pure Compact I - Roche, Promega - Abbott, ręczny - ekstrakcje przy użyciu QIAamp® Viral RNA – Qiagen.
Oprogramowanie do analizy i interpretacji danych	W zestawie (DeepChek-HIV / CE-IVD)
Dostępne analizy	Wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, ocena tropizmu, podatność na antagonistę CCR5, raport z jakości przebiegu NGS, raport z genotypowania klinicznego.
Lekooporność	Elastyczny dzięki kilku wirtualnym wskazówkom fenotypowym (Pyrovir, geno2pheno).
Wliczone usługi	Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia.
Opcje	Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT.