DEEPCHEK® ASSAY -HIV ASSAY PROTEASE / REVERSE TRANSCRIPTASE GENOTYPING AND DRUG RESISTANCE (CE-IVD)
DeepChek® Assay -HIV Assay Protease / Reverse Transcriptase Genotyping and Drug Resistance do genotypowania HIV-1. Dostarcza informację na temat antyretrowirusowej wrażliwości na inhibitory proteazy (PI) oraz inhibitory odwrotnej transkryptazy (NRTI, NNRTI). Zestaw składa się z odczynników PCR z oprogramowaniem diagnostycznym in vitro, które są kompatybilne z platformami NGS lub Sanger.
Specyfikacja ogólna
|
Kompatybilność z platformami do NGS |
Tak, z każdą |
|
Kompatybilność z platformami do elektroforezy kapilarnej |
Tak, z każdą |
|
Przeznaczenie |
CE-IVD – ISO-9001 |
|
Liczba reakcji |
24 próbek/zestaw |
|
Rodzaj materiału wejściowego |
Surowica, osocze, DNA prowirusowe, DBS |
|
Zawartość zestawu |
Odczynniki RT-PCR i Nested-PCR (enzymy, mastermiksy, startery, dNTP), startery do sekwencjonowania SANGER, protokoły do sekwencjonowania SANGER i NGS, analizy oprogramowania SANGER lub NGS dla 24 próbek poprzez dostęp do chmury
|
|
Czułość |
1000 cp/ml dla 400 µl osocza/surowicy. Dostępne protokoły dla niskiego miana wirusa (>200 - 300 cp/ml) |
|
Specyficzność |
Zwalidowany na większości podtypów i szczepów CRF |
|
Powtarzalność |
>99% |
|
Przepływ pracy |
Od próbki do wyniku ~15 godzin dla SANGER i ~30 godzin dla NGS (w zależności od platformy) |
|
Pokrycie |
PR: kodony od 1 do 99, RT: kodony od 1 do 320 |
|
Kompatybilne metody ekstrakcji |
Automatyczny (zestaw do izolacji kwasów nukleinowych MagNA Pure Compact I - Roche, Promega - Abbott), ręczny (ręczne ekstrakcje przy użyciu QIAamp® Viral RNA - Qiagen)... |
|
Oprogramowanie do analizy i interpretacji danych |
W zestawie (DeepChek-HIV / CE-IVD) |
|
Dostępne analizy |
Podtypowanie, wykrywanie mutacji aminokwasowych, wykrywanie zmian nukleotydowych, lekooporność, raport jakości przebiegu NGS, GSS, raport z genotypowania klinicznego |
|
Lekooporność |
Elastyczny dzięki aż 7 różnym aktualnym wytycznym, w tym HIVdb/Stanford, ANRS, geno2pheno, Rega |
|
Wliczone usługi |
Nieograniczone aktualizacje oprogramowania, wsparcie, szkolenia |
|
Opcje |
Serwery lokalne, import danych historycznych, integracja z LIS i HIS, integracja z sekwenatorami, automatyzacja przepływu pracy IT. |