Platforma Xenium In situ to narzędzie do jednoczesnych analiz typu single cell oraz spatial in situ, pozwalające na analizę setek transkryptów RNA a w niedalekiej przyszłości również białek powierzchniowych.

10x Xenium

Dzięki Xenium dostępne stają się nie tylko dane ilościowe ekspresji poszczególnych genów w pojedynczej komórce ale również przestrzenne rozmieszczenie transkryptów w tkance, z informacją o ich lokalizacji wewnątrzkomórkowej. Próbki biologiczne charakteryzują się wysoką heterogennością w związku z tym klasyczne podejście badania ekspresji z wykorzystaniem real time PCR, sekwencjonowania czy mikromacierzy staje się niewystarczające. Powyższe narzędzia analityczne pozwalaj na uzyskanie jedynie uśrednionego wyniku z całej populacji komórek. Natomiast kluczowych informacji niezbędnych do zidentyfikowania nowych biomarkerów, celów terapeutycznych lub do badania potencjalnych kandydatów na leki poszukiwać należy na poziomie ekspresji transkryptów w poszczególnych komórkach, jak również w przestrzennym ułożeniu subpopulacji komórkowych. Takie nowoczesne podejście dostarczające nam znacznie więcej informacji staje się coraz bardziej powszechne.

Do badania transkryptomu wykorzystywane są dedykowane panele sond

Human Breast Gene Expression Panel
Human Brain Gene Expression Panel
Human Lung Gene Expression Panel
Human Multi-Tissue and Cancer Gene Expression Panel
Mouse Brain Gene Expression Panel
Custom Panels

Sondy zostały zaprojektowane w taki sposób, że komplementarne do wykrywanego genu są końce 5’ i 3’, a pomiędzy końcami znajduje się unikalna sekwencja oligonukleotydowa (barkod). Po hybrydyzacji następuje ligacja końców i namnożenie unikalnej sekwencji oligonukleotydowej. Dzięki takiej konstrukcji sond uzyskano znacznie większą specyficzność. Zastosowana nowoczesna, nieinwazyjna chemia nie powoduje degradacji badanych skrawków i pozwala na ich późniejsze wykorzystanie w dalszych analizach.

Analizować możemy skrawki pochodzące z tkanek

świeżych/mrożonych (FF)
FFPE

Platforma Xenium In situ pozwala na w pełni automatyczne procesowanie próbek z minimalnym czasem ich przygotowania przed umieszczeniem w aparacie. Skrawki tkanek umieszczane są na slajdach, następuje hybrydyzacja sond wybranego panelu, ligacja i reakcja PCR namnażająca unikalną sekwencję barkodu. Slajdy są umieszczane w aparacie Xenium, gdzie w kolejnych cyklach odbywa się odczyt i dekodowanie sygnału fluorescencyjnego z jednoczesną analizą danych. Dzięki jednoczesnemu dekodowaniu sygnału i analizie danych aparat Xenium pozwala na procesowa aż 12 skrawków, o powierzchni 1cm2 każdy, w zaledwie 6,5 dnia. Wraz z platformą dostarczane jest intuicyjne oprogramowanie do analizy wyników. Format otrzymanych danych jest otwarty i mogą być one analizowane w komercyjnie dostępnych, zewnętrznych oprogramowaniach.

Odkryj więcej możliwości

Specyfikacja ogólna

Ilość jednocześnie analizowanych slajdów	2
Maksymalna powierzchnia skrawka	2,88cm2 (12 x 24mm)
Rozdzielczość	0,2 mikronów/pixel
Precyzja lokalizacji transkryptów	<50nm
Czas przygotowania próbek	około 2 dni w tym 2 godziny pracy laboratoryjnej
Czas analizy	do 6 analiz (12 skrawków) na tydzień
Rodzaj tkanek	świeża/mrożona, FFPE
Liczba analizowanych transkryptów	do 400 transkryptów RNA

Materiały do pobrania

Baza publikacji wykorzystujących technologię 10x Genomics Broszura - Xenium In Situ Grant Application Resource Subkomórkowa przestrzenna analiza – Xenium In Situ