10X Visium

Platforma Visium pozwala uzyskać jeszcze większą ilość informacji z pojedynczego skrawka tkanki. Jednoczesne badana jest heterogenność jak i przestrzenne ułożenie subpopulacji na skrawku, z uwzględnieniem 3 płaszczyzn:

• morfologii tkanki (barwienie H&E lub immunofluorescencja)
• ekspresji całego transkryptomu (analiza jakościowa i ilościowa)
• ekspresji białek powierzchniowych (swoiste przeciwciała znakowane unikalnymi oligonukleotydami)

Dzięki zastosowaniu platformy Visium możliwe jest między innymi porównywanie tkanek prawidłowych ze zmienionymi chorobowo, badać mikrośrodowisko guza nowotworowego, badać infiltrację tkanki komórkami układu immunologicznego. Przestrzenna analiza Visium  jest możliwa dzięki slajdom z naniesionymi unikalnymi sekwencjami nukleotydowymi. Po nałożeniu skrawka tkanki na slajd cały transkryptom jest unikalnie znakowany. Kolejnym etapem jest przygotowanie biblioteki do sekwencjonowania NGS a następnie  sekwencjonowanie. Na podstawie informacji o rozmieszczeniu unikalnych sekwencji na slajdzie oprogramowanie na zdjęcie wybarwionej tkanki nakłada automatycznie obraz z analizy transkryptomu i proteomu. Efekt końcowy możemy określić jako „cyfrową histopatologię”

• tkanki świeże/mrożone
• tkanki utrwalone w PFA
• tkanki FFPE

Kompaktowy instrument zaprojektowany w celu ułatwienia i przyspieszenia analiz Visium, służący do automatycznego transferu wyznakowanego transkryptomu na slajdy z unikalnymi kodami przestrzennymi. Automatyzacja znacznie zwiększa czułość analizy w porównaniu z manualnym transferem i dodatkowo daje nam możliwość analizy białek powierzchniowych. Dzięki zastosowaniu aparatu CytAssist nie jest wymagana optymalizacja tkanek przed eksperymentem.