Każda komórka żywego organizmu odgrywa unikalną, niepowtarzalną rolę a jednocześnie jest ściśle skoordynowana z całością co skutkuje powstaniem złożonego układu.

10x Chromium

Każda komórka żywego organizmu odgrywa unikalną, niepowtarzalną rolę a jednocześnie jest ściśle skoordynowana z całością co skutkuje powstaniem złożonego układu.

Dotychczasowe metody analizy ekspresji genów pozwalały jedynie na uzyskanie uśrednionego wyniku z całej próbki. Ze względu na bardzo dużą heterogenność próbek biologicznych wynik taki mógł być nieprecyzyjny i nie oddawał istoty analizowanej próbki. Aby można było uzyska znacznie większą ilość informacji z analizowanych próbek firma 10x Genomics opracowała platformę Chromium, która umożliwia omiczne analizy w każdej pojedynczej komórce (single cell analysis). Dzięki platformie Chromium możemy uzyskać znacznie więcej informacji/wyników badając heterogenność próbek biologicznych.

Technologia Next GEM umożliwia generowanie setek tysięcy pojedynczych partycji komórek, z których każda zawiera unikalne znaczniki (barcody) pozwalające na późniejszą identyfikację każdej pojedynczej komórki i każdego pojedynczego transkryptu. W połączeniu z wystandaryzowanymi odczynnikami i darmowym oprogramowaniem do analizy danych, 10x Genomics dostarcza kompletne rozwiązanie do badań biologicznych na poziomie pojedynczych komórek.

Do analizy można wykorzystać zawiesinę pojedynczych komórek świeżych/utrwalonych lub jąder komórkowych pochodzących z:

hodowli komórkowej
krwi pełnej (PBMS)
rozdysocjowanego organella
rozdysocjowanej tkanki świeżej lub mrożonej
rozdysocjowanego skrawka FFPE

Multiomoczne analizy single cell pozwalają na badania:

całego transkryptomu (3’ lub 5’ GEX)
białek powierzchniowych (Cell Surface Protein)
profilowanie receptorów na powierzchni limfocytów T lub B (Immuno Profiling)
specyficzności antygenowej receptorów na limfocytach T lub B (BEAM)
dostępności, stopnia rozplecenia chromatyny (ATAC)
CRISPR screening

Analizy single cell rozpoczynają się od przygotowania zawiesimy pojedynczych komórek (świeżych lub utrwalonych w PFA) lub zawiesiny jąder komórkowych. Następnie przy użyciu aparatu Chromium iX/X następuje generowanie partycji komórkowych czyli zamknięcie każdej pojedynczej komórki w kropli olejowej z unikalnymi znacznikami oligonukleotydowymi. Kolejnym etapem jest przygotowanie biblioteki do sekwencjonowania NGS a następnie sekwencjonowanie. Na podstawie unikalnych sekwencji oligonukleotydowych oprogramowanie przypisuje każdy transkrypt do pojedynczej komórki. Na podstawie podobieństw w profilu transkrypcyjnym określane są istniejące w próbce subpopulacje komórkowe. Finalnym wynikiem analizy są dane jakościowe i ilościowe profilu ekspresji całego transkryptomu, z podziałem na różniące się od siebie subpopulacje komórkowe.

Odkryj więcej możliwości

Specyfikacja ogólna

	Chromium X	Chromium iX
Single Cell Gene Expression	tak	tak
Single Cell Gene Expression HT	tak	wymagana aktualizacja
Single Cell Gene Expression Flex	tak	tak
Single Cell Immune Profiling	tak	tak
Single Cell Immune Profiling HT	tak	wymagana aktualizacja
Single Cell ATAC	tak	tak
Single Cell Multiome GEX + ATAC	tak	tak
Czas przygotowania próbek	około 20 minut	około 20 minut
Ilość dubletów w pojedynczej partycji	≤2%	≤2%
waga	19 kg	19 kg
wymiary	23x48x27cm	23x48x27cm

Materiały do pobrania

Baza publikacji wykorzystujących technologię 10x Genomics Broszura - Inside Chromium Next GEM Technology Analiza pojedynczej komórki – Chromium