Produkt - NEWS 04.2022
Szanowni Państwo,
Zapraszamy do zapoznania się z naszym kolejnym newsletterem. W tym wydaniu, dzielimy się z Państwem informacją o rozszerzeniu naszego portfolio produktowego o rozwiązania dedykowane sekwencjonowaniu pojedynczej komórki. Naszym nowym partnerem, którego będziemy reprezentować na terenie Polski została firma 10x Genomics!
Poniżej znajdą Państwo ogólne informacje o dostępnych narzędziach do sekwencjonowania pojedynczej komórki i transkryptomiki przestrzennej, które można zaimplementować w laboratoriach pracujących w obszarach immunologii, onkologii, neurobiologii oraz innych. Na samym końcu tego materiału, umieściliśmy przydatne źródła z których można czerpać wiedzę o możliwych aplikacjach i projektach badawczychc, miedzy innymi w postaci publikacji naukowych, webinariów lub podcastów. Zachęcamy również do kontaktu bezpośrednio z nami, czyli z Analityk Genetyka.
Serdecznie zapraszamy!
Technologia Chromium Single Cell.
10x Genomics udostępnia technologię pozwalającą na sekwencjonowanie pojedynczej komórki dzięki wykorzystaniu innowacyjnego podejścia Next GEM zintegrowanego z platformami Chromium. Podstawą technologii Next GEM są żelowe kulki, z których każda pokryta jest unikalnymi sekwencjami oligonukleotydowymi oraz sekwencjami funkcjonalnymi pozwalającymi na analizę aktywności komórek w wielu wymiarach w zależności od specyfiki przeprowadzanej procedury. Wśród oferowanych możliwości, badanie na poziomie pojedynczej komórki może przebiegać pod kątem ekspresji genów, dostępności chromatyny, identyfikacji białek powierzchniowych, edycji CRISPR oraz innych. Wykorzystanie zjawiska procesów mikroprzepływowych (mikrofluidyka) które zachodzą na urządzeniach Chromium w połączeniu z dedykowanymi chipami daje możliwość generowania dziesiątek tysięcy partycji w skład których wchodzą pojedyncze komórki lub jądra, żelowe kulki z indywidualnymi sekwencjami różnicującymi oraz odczynniki potrzebne do wytworzenia mikroreakcji. Na końcowym etapie, wszystkie fragmenty pochodzącej z tej samej komórki lub jądra będą miały wspólną sekwencję różnicującą (10x Barcode) i posłużą jako materiał wejściowy do przygotowania bibliotek NGS kompatybilnych miedzy innymi z sekwenatorami Illumina.
Narzędzie kompatybilne z platformami Chromium :
- Chromium Single Cell Gene Expression – analiza ekspresji genów na poziomie pojedynczej komórki, dzięki wychwytywaniu 3’ mRNA. Możliwość wykorzystania tego podejścia do eksploracji heterogeniczności komórkowej, odkrywania nowych celów lub identyfikacji biomarkerów. Dzięki opcji Future Barcode podczas jednej analizy istnieje możliwość pozyskania danych dotyczących białek powierzchniowych oraz powiązanie modyfikacji CRISPR z fenotypami komórek.
- Chromium Single Cell ATAC – dostępność chromatyny na poziomie pojedynczej komórki w celu głębszego zrozumienia mechanizmów regulacji genów.
- Chromium Single Cell Immune Profiling – multiomiczna analiza receptorów komórek B lub T (BCR/TCR), ekspresji białek powierzchniowych, swoistości antygenowej i ekspresji genów 5’ z poziomu pojedynczej komórki.
- Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression – jednoczesne profilowanie ekspresji genów oraz dostępności chromatyny.
- Chromium Single Cell Fixed RNA – kompleksowe profilowanie transkryptomu (ludzkiego lub mysiego) z utrwalonych komórek przy użyciu podejścia opartego na sondach. Analiza z zapewnieniem integralności, jakości danych oraz wykorzystaniem maksymalnej przepustowości dzięki gromadzeniu próbek w dłuższym okresie czasu.
- Nuclei Isolation Kit – kompletny zestaw do izolacji jąder komórkowych, nie wymagający optymalizacji (lub w bardzo niewielkim stopniu) dla większości typów tkanek. Uproszczony oraz zoptymalizowany protokół oczyszczania prowadzący do uzyskania zawiesiny jąder kompatybilnych z protokołami 10x Genomics w obszarze analizy ekspresji genów i dostępności chromatyny.
Aby korzystać z wyżej wspomnianych możliwości, należy wyposażyć swoją pracownią w jedną z urządzeń z serii Chromium : Chromium Controler dla małych i średnich projektów badawczych, Chromium X dla dużych, średnich i małych projektów badawczych oraz Chromium iX nadający się do małych i średnich projektów ale który można zmodyfikować do wersji największej, czyli Chromium X.
Technologia Visium Spatial.
Związek pomiędzy komórkami i ich względną lokalizacją w tkance ma kluczowe znaczenia dla zrozumienia prawidłowego rozwoju i patologii chorób. Transkryptomika przestrzenna to przełomowa metoda profilowania molekularnego, która pozwala naukowcom ocenić aktywność genów w próbce i mapować, gdzie ta aktywność występuje.
Technologia Visium Spatial wykorzystuje procesy wychwytywania przestrzennego dzięki zastosowaniu oligonukelotydów których rolą jest wiązanie mRNA oraz znakowanie cząsteczek przy udziale dedykowanych sekwencji. Oligonukleotydy rozmieszczono na szkiełku w celu zachowania informacji przestrzennych. W efekcie, wyznakowane cząsteczki, mapowane są do określonego miejsca na obszarze wychwytywania w szkiełku a dane dotyczące ekspresji nakładane na wysokiej rozdzielczości obraz mikroskopowy. Technologia Visium Spatial może być zintegrowana ze standardowymi technikami utrwalania i barwienia (w tym barwienia hematoksyliną i eozyną) oraz barwienia immunofluorescencyjnego (IF) do wizualizacji białek w skrawkach tkanek na szkiełkach za pomocą mikroskopu fluorescencyjnego.
Technologia Visium Spatial nie wymaga zastosowania urządzeń z serii Chromium.
Ciekawe źródła do czerpania wiedzy.
Ciekawe publikacje z możliwością filtrowania tematów i obszarów badawczych