VARIANTPlex® Comprehensive Thyroid & Lung
Analiza 31 genów związanych z nowotworami płuc i tarczycy
VARIANTPlex® CTL to naukowy panel NGS, który wykrywa i charakteryzuje warianty pojedynczych nukleotydów (SNV), warianty liczby kopii (CNV) oraz insercje/ delecje (indels) w 31 genach, powiązanych z występowaniem nowotworów płuc oraz tarczycy.
Zestaw wykorzystuje technologię AMP™ (Anchored Multiplex PCR) gdzie każda z cząsteczek DNA zostaje specjalnie oznakowana, dzięki czemu proces korekcji błędów na etapie analizy bioinformatycznej (prawdziwa mutacja vs błędy powstałe podczas sekwencjonowania) staje się bardziej skuteczna. Zestaw pokrywa eksony wybranych genów z wysokim wskaźnikiem równomierności (>95%) a także odczytów „on-target” (99,9%).
W skład VARIANTPlex CTL wchodzą: specyficzne startery do amplifikacji wskazanych regionów, enzymy w postaci zliofilizowanej, odczynniki do przygotowania gotowych bibliotek a także dodatkowe odczynniki do oceny jakości materiału wyjściowego – Archer PreSeq DNA QC Assay. Analiza wyników odbywa się z wykorzystaniem programu Archer Analysis.
Specyfikacja ogólna
|
Liczba genów |
31 |
|
Rodzaj kwasu nukleinowego |
DNA |
|
Ilość materiału wejściowego |
≥ 10 ng |
|
Rodzaj próbki |
Materiał świeży oraz FFPE |
|
Rozmiar analizowanego regionu |
ok. 21,6 kb |
|
Równomierność pokrycia |
>20% średniego pokrycia dla >97% |
|
Czas pracy manualnej |
2,5 h |
|
Łączny czas protokołu |
1 dzień |
|
Kompatybilna platforma |
Illumina® |
|
Minimalna rekomendowana liczba odczytów na próbkę |
1 M |