Nowe podejście do detekcji wirusów z wykorzystaniem NGS.

Infekcje wirusowe traktowane są jako jedno z wielu zagrożeń w kontekście ludzkiego zdrowia, hodowli zwierząt czy uprawy roślin, charakteryzujące się nieprzewidywalnością i adaptacją do nowych warunków. Wymusza to na naukowcach wprowadzanie innowacyjnych rozwiązań, które pozwolą na szybką diagnozę i skuteczne przeciwdziałanie. Konwencjonalne metody detekcji wirusów (np. z wykorzystaniem qPCR lub PCR) w niektórych sytuacjach mogą okazać się mało użyteczne, przy uwzględnieniu dużej zmienności genetycznej wirusów w odniesieniu do specyficzności sond i primerów wykorzystywanych jako element niezbędny w tych procedurach. Potrzebne jest rozwiązanie o szerokim spektrum identyfikacyjnym, uwzględniającym wysokie tempo mutacji i działające nawet wtedy, gdy nie posiadamy podstawowej wiedzy o czynniku zakaźnym.

Sekwencjonowanie następnej generacji wykorzystywane jest w bardzo wielu dziedzinach, związanych z analizą podłoża chorób genetycznych, onkologii, metagenomice i wielu innych. Identyfikacja wirusów odpowiedzialnych za wywoływane choroby również do nich należy. Możemy, na przykład, pokusić się o sekwencjonowanie pełnego genomu wirusowego, które pozwala na dostęp do bardzo dużej ilości danych genetycznych i szerszego spojrzenia na dany problem. Z drugiej strony, po uwzględnieniu aspektów ekonomicznych i pracochłonności może ono okazać się rozwiązaniem zbyt kosztownym.

Mając wszystkie te czynniki na uwadze, Illumina we współpracy z Twist Bioscience oraz United States Army Medical Institute of Infection Diseases opracowała innowacyjne narzędzie do detekcji wirusów w oparciu o technologię HCTE (Hybrid Capture Targeted Enrichment). Pan-Viral HCTE panel charakteryzuje się :

  • Wysoką czułością w kontekście detekcji około 800 różnych wirusów DNA/RNA;
  • Efektywnością hybrydyzacyjną w regionach podatnych na mutacje;
  • Optymalnym współczynnikiem kosztów w stosunku do pozyskanych danych. Ze względu na brak potrzeby sekwencjonowania pełnych genomów i generowania dużej ilości odczytów, procedura może być przeprowadzana nawet na sekwenatorach o najmniejszej przepustowości (np. iSeq);
  • Szybką i prostą analizą danych z wykorzystaniem Base Space Sequence Hub lub One Codex Pan-Viral Panel Analysis.

Pan-Viral HCTE panel to kompleksowe narzędzie, w skład którego wchodzą odczynniki do przygotowania biblioteki w technologii TruSeq, sondy firmy Twist Bioscience oraz oprogramowanie do analizy wyników One Codex Platform.

Więcej informacji