Illumina StrataMap™ Spatial – przestrzenna transkryptomika bez kompromisów
Zrozumienie biologii tkanki wymaga czegoś więcej niż pomiaru ekspresji genów – wymaga wiedzy o tym, gdzie ta ekspresja zachodzi. Illumina StrataMap™ Spatial to platforma oparta na sekwencjonowaniu nowej generacji, która łączy trzy dotychczas trudne do pogodzenia cechy: zasięg całego transkryptomu, rozdzielczość komórkową oraz profilowanie dużych obszarów tkankowych – wszystko w ramach jednego eksperymentu, bez konieczności stosowania dodatkowej specjalistycznej aparatury.
Cały transkryptom bez predefiniowanych paneli
Bezstronne profilowanie przestrzenne ekspresji genów wymaga dostępu do pełnego transkryptomu, a nie wyłącznie do z góry zdefiniowanych zestawów genów. StrataMap™ Spatial wykorzystuje wychwyt RNA oparty na poli(A) do analizy transkryptów bezpośrednio z tkanki, umożliwiając prowadzenie badań odkrywczych w różnorodnych kontekstach biologicznych.
Rozdzielczość komórkowa bez uśredniania sygnału
Rozdzielczość komórkowa w StrataMap™ Spatial wynika z zastosowania ciągłej powierzchni wychwytującej o elementach wielkości 1 µm. Takie podejście pozwala zachować pełną szczegółowość przestrzenną bez konieczności uśredniania sygnału pomiędzy sąsiadującymi obszarami. Markery referencyjne na szkiełku zapewniają precyzyjne dopasowanie obrazu histologicznego do danych z sekwencjonowania, umożliwiając dokładną korelację morfologii tkanki z profilem ekspresji genów. Zintegrowana segmentacja komórek w ścieżce analitycznej pozwala na precyzyjne przypisanie ekspresji do poszczególnych populacji komórkowych.
Obszar wychwytywania 750 mm²
StrataMap™ Spatial dysponuje powierzchnią wychwytującą wynoszącą 750 mm², która umożliwia analizę pełnych przekrojów tkankowych lub wielu sekcji i próbek na jednym szkiełku. Zachowanie wzorców przestrzennej ekspresji genów na dużych obszarach tkankowych pozwala badać heterogeniczność komórkową oraz regionalną zmienność w ramach jednego eksperymentu. Rozszerzony obszar wychwytywania zwiększa elastyczność projektowania eksperymentów wymagających wysokiej przepustowości próbek lub szerokiego pokrycia tkankowego.
Kompatybilność z tkankami i systemami sekwencjonowania
StrataMap™ Spatial jest kompatybilny ze świeżo mrożonymi tkankami zatopionymi w OCT. Procedura jest dostępna na sekwenatorach Illumina z serii NextSeq 2000, NovaSeq 6000, NovaSeq X oraz NovaSeq X Plus, co oznacza, że laboratoria dysponujące istniejącą infrastrukturą mogą wdrożyć StrataMap™ Spatial bez konieczności zakupu dodatkowej specjalistycznej aparatury.